为促进大学与工业界合作开展创新研究，近年来，联邦政府教育与研究部设立了“前沿领先研究集群”项目，已经支持了15个集群，最近新设立了“国际前沿领先研究集群”项目。同时，还设立“研究园区”，支持了9个公共机构与私立伙伴合作的中长期项目，培育创新。与此同时，德国政府在里斯本策略框架下，促进欧洲区域的研究与合作。德国大学校长联席会推出德国大学的“研究地图”，请每个大学最多推荐8个重点优先研究方向（每个优先方向不少于25位教授参与），共推荐来自综合性大学的344个重点优先研究方向。与此同时，2014年，应用科学大学推荐了153个重点优先研究方向。

　　德国的研究与创新体系，包括两大支柱，一是综合性大学与应用科学大学，另一个是非大学的研究机构，如马克斯普朗克研究会等。国家公立研究机构与大学有着密切的合作关系，以尤里希研究中心为例，该中心与超过10所大学建立合作关系。目前，该中心与大学联合聘任的教授总人数达111位，这些合聘教授在大学和尤里希研究中心都分别有研究室。同时，这些教授在大学招收的540位博士研究生在中心的各位教授的研究实验室从事研究工作，完成论文后被各自的大学授予博士学位。实际上，马普研究所也多设在大学内或附近，马普研究所自身可以招聘博士后研究人员，但是只有综合性大学才可以招收博士生和授予博士学位，研究所一般通过与大学合作培养博士生加强科研合作。

　　3.政府管理和学术自由

　　根据德国宪法，高等教育管理权属州政府，按照联邦统计数据，州政府拨付大学基本的核心经费达生均每年7300欧元，按平均学习期限生均3万欧元，2013年合计资助218亿欧元；联邦政府主要通过第三方对大学的研究进行资助，按新修订的联邦与州达成的高等教育协定，联邦政府也可以直接资助大学，2013年联邦政府对于核心基金的合计资助为49亿欧元。两者合计267亿欧元，高校所得到的核心经费约占当年GDP的1%。德国对于大学的公共资助模式试图平衡以下三个目标：一是保障基础资金、稳定性、自治和多期规划视野；二是创建竞争性、事后奖惩、绩效导向；三是引导有针对性的激励、促进战略、“创新+卓越”的事前资助。基于三个目标的平衡，导致联邦和州政府公共资助体系的复杂性：联邦政府以卓越大学计划、高等教育协定（支持招收更多学生）、竞争性针对性资助（如教学质量）、DFG（德国科学基金会）研究项目资助、研究项目的运行管理费用等几个渠道资助大学；而16个联邦州政府则通过大学整体基本资助、项目资助和联邦资助的配比等几种方式资助大学。

　　在大学外部，联邦政府与州政府依据《德国联邦宪法》和《德国高等教育总法》等法律法规对大学实施间接的管理和监督。在大学内部，德国宪法保障的学术自由影响到大学内部的治理理念和组织结构，大学实行教授治校。校长和院长基本上从教授中产生，自我管理，主要通过民主协商达成共识。德国大学层面的治理结构由三个重要部分组成：理事会或校董会，担负决策职能；校长办公会，担负行政职能；校评议会或校务委员会，担负立法职能。德国大学中的学院（Faculty），有些类似美国大学的学部，其院务委员会是学院民主管理、教授治校的基本载体，是学院的所有重大事务的最高决策机构，也是监督学院院长工作的机构。